L'EFEO est un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel sous tutelle des ministères de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche. Créée à Saigon à l'instigation de l'Académie des inscriptions et belles-lettres en 1898, la Mission archéologique d'Indochine devient l'École française d'Extrême-Orient par arrêté du 20 janvier 1900, tandis que son siège est transféré peu après à Hanoi. Le siège central de l'EFEO s'installe à Paris en 1968. En 2006 elle dispose de dix-sept centres scientifiques en Asie.