L'Agence francophone pour l'enseignement supérieur et la recherche a été fondée en 1990 comme "organisation-chapeau" destinée à coordonner les activités de l'Association des universités partiellement ou entièrement de langue française (AUPELF) et l'Université des réseaux d'expression française (UREF). Le 29 novembre 1993, elle devient "Agence universitaire de la francophonie".