Issu de deux services dissous : le Centre d'études des transports urbains et le Service technique de l'urbanisme ; il reprend les compétences du 1er et une partie des compétences du second dans les domaines du l'urbanisme et des transports urbains et acquiert des compétences nouvelles (D. 94-134 du 09-02-1994). En janvier 2014, le CERTU, les 8 CETE, le CETMEF et le SETRA ont fusionné pour former le CEREMA (Centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement).