Né à Paris en février 1970, Mathieu Lauffray révèle très jeune un vif intérêt pour le dessin. Après son baccalauréat, il entre à l'École nationale supérieure des arts décoratifs, à Paris, où il rencontre deux jeunes étudiants, Denis Bajram et Frédéric Contremarche, avec lesquels il se lie d'amitié.

En 1995, pour sa thèse de fin d'étude, il réalise, avec Contremarche au scénario, un récit de bande dessinée, "Le serment de l'ambre". La même année, le premier tome est publié chez Delcourt.

L'année suivante, Olivier Vatine lui propose d'illustrer les couvertures de ses adaptations de "Star wars" en comic books (Dark Horse Comics). Mathieu Lauffray réalise ainsi une trentaine de couvertures et, dans le même temps, se consacre à de nombreux travaux d'illustration pour la presse et les jeux de rôle. Entre 1996 et 1997, il effectue de très nombreux designs, recherches et peintures en tout genre pour la société de jeux vidéo Darkworks.

En 1997, il rencontre Christophe Gans, alors jeune réalisateur de "Crying Freeman", qui lui propose de travailler sur un ambitieux projet de long-métrage, Nemo. Mathieu est subjugué par l'idée de ce film qui développe librement l'univers du roman de Jules Vernes "Vingt mille lieues sous les mers. Il effectue de nombreuses recherches et créations graphiques, mais, après presque deux ans de travail, le projet est abandonné.

En 1999, Mathieu Lauffray et Christophe Gans renouvellent leur collaboration autour d'un autre long-métrage qui, lui, aboutira : "Le Pacte des loups". Pour ce film, Mathieu met au point de nombreux designs, travaille sur les story-boards et crée le carnet de voyage d'un des personnages, de Fronsac. C'est aussi sa main qui apparaît à l'écran dans les scènes où de Fronsac dessine les fameux carnets, dont des illustrations figurent donc dans de nombreuses scènes du film.

En 2000, Mathieu Lauffray retrouve la bande dessinée. Avec la complicité de Xavier Dorison, scénariste du "Troisième testament", il dessine une nouvelle série intitulée "Prophet" (Humanoïdes associés). Le deuxième tome paraît en 2003, chez le même éditeur, mais, cette fois, c'est Mathieu qui, seul, assure scénario et dessin.

En 2005 sort le troisième album de "Prophet" (Humanoïdes associés). La même année, sa rencontre avec Jean Vincent Puzos conduit Mathieu à travailler sur une ambitieuse production internationale, "10 000 BC", dirigée par Roland Emmerich.

L'année 2006 est occupée par la réalisation du premier tome de "Long John Silver" (Dargaud), une aventure de pirates qui l'unit une nouvelle fois à son complice de toujours, Xavier Dorison. Le quatrième et dernier tome, intitulé "Le Labyrinthe d'émeraude", sort en 2013. Cette série a renouvelé le genre de la piraterie, forte d'un souffle romanesque rarement vu en bande dessinée.

Un art book, "Axis Mundi", consacré à l'auteur, paraît en 2013, chez Café salé.

En 2017, l'année Valérian est l'occasion pour Mathieu Laufray de collaborer avec Wilfrid Lupano autour d'une jubilatoire aventure des deux agents spatio-temporels revisitée par leur soin : "Shingouzlooz.Inc ".